تتميز المحافظة بتنوع المناخ والتضاريس إذ تنخفض منطقة الأغوار لتصل إلى (224م) تحت سطح البحر، أما الجبال فيصل ارتفاعها إلى (1130م)، حيث أن مناطقها المرتفعة تمتاز بمناخ ماطر وبارد شتاءً ومعتدل صيفاً، ويبلغ معدل هطول الأمطار فيها (600ملم)، أما المناطق المنخفضة (الأغوار) فتتميز باعتدال درجات الحرارة شتاءً وارتفاع درجات الحرارة صيفاً ويبلغ معدل سقوط الأمطار فيها (150 – 200 ملم) مما يعطي المحافظة ميزة زراعية نسبية تساعدها على التنوع في الزراعات على مدار العام.
يعود ذلك لتوافر الظروف المناسبة من حيث الكفاءات الزراعية والخبرات العملية الزراعية وكذلك توافر المياه وخصوبة التربة التي تتمتع بها المحافظة ولا سيما منطقة الأغوار الوسطى، إلا أن الخبرات الزراعية وعلى الرغم من زخمها في منطقة الأغوار فهي غير مواكبة للتطورات الزراعية العلمية وذلك لحجم الملكيات الزراعية الصغيرة والتكاليف الباهظة التي يتحملها المزارعون، حيث أن الاهتمام بتطوير القطاع الزراعي يعمل على الحد من مشكلتي الفقر والبطالة في المحافظة فقطاع الزراعة من أكثر القطاعات المشغلة للأيدي العاملة المحلية.
تتمتع محافظة البلقاء بتنوع طبيعي وزراعي واضح يجعلها من المحافظات المهمة في دعم النشاط الزراعي والتنمية المحلية.